Desa Wanajaya merupakan merupakan hasil pemekaran dari Desa Wanaraja pada tahun 1979 yang menjadi 3 Desa yaitu Desa Wanaraja sebagai Desa Induk, Desa Wanajaya dan Desa Wanamekar.
Namun seiring perjalanan waktu, berdasarkan gagasan dari Tokoh Masyarakat yang disalurkan melalui LMD dan Pemerintah Desa sebagi Pelaku Sejarah dengan tujuan utama pemekaran Desa tiada lain untuk pelayanan publik, meningkatkan kemampuan penyelenggaraan pemerintahan yang berdaya guna serta terwujudnya masyarakat yang sejahtera, maka pada tanggal 13 Maret 1983 Desa Wanajaya dimekarkan kembali menjadi 2 Desa yaitu Desa Wanajaya sebagai Desa Induk dan Desa Wanasari. Dan pada saat itu Pejabat Kepala Desa Wanajaya adalah Entan Rustandi, camat Wanaraja Tjutju RS B.A dan Bupati Garut Iman Sulaiman.
Pada tahun 1986 untuk pertama kalinya Desa Wanajaya diadakan Pemilihan Umum Kepala Desa Wanajaya dan sampai saat ini , Desa Wanajaya telah menyelenggarakan 5 (Lima) kali Periode Pemilihan Kepala Desa. Adapun pejabat yang memegang jabatan Kepala Desa dapat dijabarkan sebagai beriut :
- Kepala Desa Wanajaya Tahun 1986 – 1994 Maman
- Kepala Desa Wanajaya Tahun 1995 – 1998 Dodo
- Kepala Desa Wanajaya Tahun 2000 – 2008 Nurzaman
- Kepala Desa Wanajaya Tahun 2008 – 2014 Nurzaman
- Kepala Desa Wanajaya Tahun 2015 - 2021Nurzaman
- Kepala Desa Wanajaya Tahun 2021 - Sekarang
Sejak terbentuk Desa Wanajaya secara resmi, telah banyak pembangunan yang dilaksanakan dan dirasakan manfaatnya oleh masyarakat. Akan tetapi karena perkembangan waktu, jumlah penduduk, dukungan potensi, serta pemenuhan kebutuhan masyarakat, masih banyak program pembangunan yang harus dilaksanakan.